SD Negeri 2 Waru pagi hari ini memulai pembiasaan pagi untuk menanamkan karakter agar siswa memiliki jiwa dan rohani yang sehat dengan keimanan dan ketakwaan yang melekat pada diri anak, salah satunya melalui pembiasaan sholat dhuha bagi yang beragama Islam. Sedangkan yang bergama Kristen dan Katholik melalui kegiatan kerohanian.