Tujuan sekolah dijabarkan berdasarkan tujuan umum pendidikan, visi, dan misi sekolah. Berdasarkan tiga hal tersebut, dapat dijabarkan tujuan SD Negeri 2 Waru, adalah sebagai berikut :
- Terbinanya ketaqwaan melalui pembiasaan ibadah di sekolah dan dapat menerapkan dalam kehidupan sehari- hari.
- Mengembangkan kecerdasan ketrampilan dan pengetahuan sehingga dapat melanjutkan pendidikan lebih tinggi.
- Mengembangkan kepribadian dan akhlak mulia.
- Melatih budaya mandiri melalui kegiatan kompetitif.
- Meningkatkan prestasi siswa sesuai potensi bakat dan minat.
