Tujuan sekolah dijabarkan berdasarkan tujuan umum pendidikan, visi, dan misi sekolah. Berdasarkan tiga hal tersebut, dapat dijabarkan tujuan SD Negeri 2 Waru, adalah sebagai berikut :

  1. Terbinanya ketaqwaan melalui pembiasaan ibadah di sekolah dan dapat menerapkan dalam kehidupan sehari- hari.
  2. Mengembangkan kecerdasan ketrampilan dan pengetahuan sehingga dapat melanjutkan pendidikan lebih tinggi.
  3. Mengembangkan kepribadian dan akhlak mulia.
  4. Melatih budaya mandiri melalui kegiatan kompetitif.
  5. Meningkatkan prestasi siswa sesuai potensi bakat dan minat.